Ять от "е" при Петре и позже еще отличалось. Не всеми и не всегда, но тем не менее... В западных (переходных к украинскому) и северных говорах ять был ближе к "и". Если не путаю, Ломоносов ять и "е" на слух различал.

"Щ" пытались заменить на "сч", говоря, что так оно и произносится.

> Петр I первоначально исключил из алфавита следующие
> буквы: "кси", "пси", "омега", "ук",

Про "ук" спорно: тут не отмена была, а изменение начертания (знак в виде нынешнего "у" как буква не использовался).

> "ижица", "юс большой",

Юс большой и до Петра уже как буква не использовался.

> "юс малый";

Тоже неточно: "я" -- одна из форм начертания юся малого.

> кроме того, йотированные

Опять неточно: йотированная была ровно одна -- "ia".

> и диграфы: "от" и "у".

"от" -- не диграф, а акцентированная буква!

> "Э" была введена реформой Петра I.

Только в смысле "официально введена в азбуку". Сам знак в нынешнем смысле "нейотированного начального Е" употреблялся в московской печати как минимум с середины XVII века.

А почему Пётр Ять не упразднил? Тогда звук такой был, отличный от Е? А какие могли быть аргументы в пользу упразднения Щ?

Интересно! Ломоносов не слышал разницы между Э и Е? А Пётр слышал? Или просто Ломоносов считал, что читатель сам догадается, как произносить "етот"? Вот и теперь многие думают, что точки над Ё ставить необязательно. Но мы же знаем, что не все и не всегда правильно могут догадаться.
А Пётр ведь не только упразднил кое-какие буквы, но и вид их упростил. Хороши бы мы были со старинными каракатицами хвостатыми, сколько бы слёз пролили, учась писать!

Вероятно, "произвольность" в упразднениях увидена в том, какую именно из нескольких букв для одного и того же звука велено было оставить. Собственно, Петровская реформа письменности состояла вот в чем:

кси -> КС (одно время была восстановлена, но ненадолго);
пси -> ПС;
Ф, 8 -> Ф (потом восстановлены обе);
И, I, V -> I (потом восстановлены все три);
S, З -> S (переиграно);
О, W -> О;
Я, IA -> Я (иногда упоминают про "юс малый" -> Я, но, на самом деле, буква "Я" и есть юс малый);
Е, "украинское ЙЕ" -> Е;
У, ОУ -> У

и еще отменены надстрочные знаки (кроме точек над "I", которых было две), а также узаконено "Э".

"Лишние" буквы не соответствовали никаким отдельным звукам, а использовались:

1) для точного воспроизведения греческого написания имен, названий и терминов (благо греческий алфавит входил в кириллицу целиком);

2) для снятия омонимии (причем чаще не разных слов, а разных форм одного и того же слова: вин. пад. "сего", род. пад. "сегW");

3) а иногда и вовсе формально -- например, в начале слова писали не "у" и "я", а "оу" и "ia".

Касательно того, что Петр "не все лишние буквы упразднил" -- как раз все, после него отменяли (или пытались отменить) только буквы ять, "щ" и "ъ".

++А если бы удался стрелецкий бунт и никто бы ничего не упразднил, то что бы с языком было?++
Я думаю, ничего особенного бы не было. Потом бы упразднили. До "ъ" на конце слов ведь добрались в 1917 - 1918..

М.В. Ломоносов писал в <<Российской грамматике>>: <<Вновь вымышленное или, справедливее сказать, старое е, на другую сторону обороченное, в российском языке не нужно, ибо 1) буква е, имея несколько разных произношений, может служить и в местоимении етотъ, и в междуметии ей; 2) для чужестранных выговоров вымышлять новые буквы весьма негодное дело, когда и для своих разных произношений нередко одною пронимаемся <...>; 3) ежели для иностранных выговоров вымышлять новые буквы, то будет наша азбука с китайскую; 4) и таково же смешно, по правде, покажется, если бы для подлинного выговору наших речений, в которых стоит буква ы, оную в какой-нибудь чужестранный язык приняли или бы вместо ее новую вымыслили>> (Ломоносов М. Полное собрание сочинений. Т. 7. Труды по филологии. -- М.-Л., 1952; С. 422). Убедительно. Из примечаний: <<Это было давнее убеждение Ломоносова: когда в феврале 1746 г. на него был возложен Академией Наук просмотр календаря на 1747 г., Ломоносов настоял, <<чтобы в русском календаре на 1747 год имена святых, раньше писавшиеся через Э, были написаны через Е, как это соблюдается в Русском месяцеслове, напечатанном тщанием св. Синода>> (Протоколы Конференции, т. II, заседание 9 марта 1746 г. стр. 120)>> (Там же. С. 870).

Петр I первоначально исключил из алфавита следующие буквы: <<кси>>, <<пси>>, <<омега>>, <<ук>>, <<ижица>>, <<юс большой>>, <<юс малый>>; кроме того, йотированные и диграфы: <<от>> и <<у>>. В азбуке, утверждённой в 1710 г., были восстановлены применявшиеся в старой печати буквы, за исключением <<пси>>, <<омеги>> и диграфа <<от>>.

"Э" была введена реформой Петра I. "...её название "э оборотное" соотносит начертание с "перевёрнутой" кириллической буквой к. Буква Э с трудом завоёвывала себе права гражданства, её не признавал В.К. Тредиаковский, к-рый относил её появление к <<повреждению кириллицы>>, против неё выступали А.П. Сумароков и М.В. Ломоносов. Из писателей 19 в. её не хотели употреблять Г.Р. Державин и И.А. Крылов. Против неё высказывался Г.П. Павский в <<Филологических наблюдениях над составом русского языка>> (1841 - 42)...>> (Русский язык. Энциклопедия. М., 1997. С. 636).

Да не защищаю я эту статью! Пустопорожний звон, никаких аргументов, одни чюйства да благоглупости... Но и злонамеренной её не нахожу.
А насчёт упразднения букв Петром мне бы очень интересно было знать, как он это сообразил, какие буквы лишние. Действительно ли они не соответствовали никаким звукам в тогдашнем русском языке? Во всех говорах? Пётр-то, наверно, по-московски говорил, а где-нибудь в Новгороде тоже таких звуков не было? А почему он не все "лишние" буквы упразднил?
А если бы удался стрелецкий бунт и никто бы ничего не упразднил, то что бы с языком было?

Можно и так: в научном журнале пусть пишут что угодно, свои люди, разберемся; а в научно-популярном издании... нет уж, извините.
Все, ушел.