Источник весьма замечательный. Но дело в том, что атаман, скорее всего - не опечатка. Это закономерный результат бытования песни в народе.
Есть очень показательный пример: песня с такими строчками:
И на штыке у часового
горит полночная звезда
Оригинальный текст, если не ошибаюсь, Апухтина, дает вместо звезды - "двурогая луна"
Луна, безусловно, интереснее. Но звезду петь оказалось удобнее. Хотя она и рифмуется хуже.
Видимо, так и здесь. По каким-то, требующим дополнительного изучения, причинам, атаман стал вытеснять капитана.
Это еще ничего, у Инбер был текст "Он юнга, его родина Марсель", так в народе мало того что юнга превратился в капитана, но и весь остальной текст изменился... ну скажем так, сильно. А учитывая, что песня неоднократно исполнялась и записывалась Высоцким, который к ней относился иронически и исполнял, подозреваю, самый издевательский вариант, какой мог найти, да небось еще и от себя добавил... а в магнитофонные времена именно его исполнение в основном и знали...